Сериал "Под прикрытием в старшей школе" рассказывает историю Чон Хэ-сона, агента, чья карьера рухнула в один миг. Вместо опасных миссий его новым заданием становится наблюдение за учениками престижной академии, куда он попадает под видом обычного школьника.

Ему предстоит не только следить за подозрительной активностью в стенах учебного заведения, но и заново пережить все сложности подростковой жизни. Конфликты с одноклассниками, давление учителей и школьная драма становятся его новой реальностью, где малейшая ошибка в роли может сорвать прикрытие.

Постепенно граница между вымышленной личностью и настоящим "я" начинает стираться. Агенту приходится задаваться вопросами, ради чего он все это затеял и что на самом деле скрывается за идеальным фасадом элитной школы.